| #define DEFAULTGOP_B -1530 |
| #define DEFAULTGEP_B -00 |
| #define DEFAULTOFS_B -123 /* +10 -- -50 teido ka ? */ |
| |
| void BLOSUMmtx( int n, double **matrix, double *freq, char *amino, char *amino_grp ) |
| { |
| /* |
| char locaminod[26] = "GASTPLIMVDNEQFYWKRHCXXX.-U"; |
| */ |
| char locaminod[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-U"; |
| char locgrpd[] = |
| { |
| 0, 3, 2, 2, 5, 2, 2, 0, 3, 1, 1, 3, 1, 4, 0, 0, 0, 4, 4, 1, 2, 2, |
| 6, 6, 6, 6, |
| }; |
| double freqd[20] = |
| { |
| 0.077, |
| 0.051, |
| 0.043, |
| 0.052, |
| 0.020, |
| 0.041, |
| 0.062, |
| 0.074, |
| 0.023, |
| 0.052, |
| 0.091, |
| 0.059, |
| 0.024, |
| 0.040, |
| 0.051, |
| 0.069, |
| 0.059, |
| 0.014, |
| 0.032, |
| 0.066, |
| }; |
| |
| double tmpmtx30[] = |
| { |
| 4, |
| -1, 8, |
| 0, -2, 8, |
| 0, -1, 1, 9, |
| -3, -2, -1, -3, 17, |
| 1, 3, -1, -1, -2, 8, |
| 0, -1, -1, 1, 1, 2, 6, |
| 0, -2, 0, -1, -4, -2, -2, 8, |
| -2, -1, -1, -2, -5, 0, 0, -3, 14, |
| 0, -3, 0, -4, -2, -2, -3, -1, -2, 6, |
| -1, -2, -2, -1, 0, -2, -1, -2, -1, 2, 4, |
| 0, 1, 0, 0, -3, 0, 2, -1, -2, -2, -2, 4, |
| 1, 0, 0, -3, -2, -1, -1, -2, 2, 1, 2, 2, 6, |
| -2, -1, -1, -5, -3, -3, -4, -3, -3, 0, 2, -1, -2, 10, |
| -1, -1, -3, -1, -3, 0, 1, -1, 1, -3, -3, 1, -4, -4, 11, |
| 1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, -2, 0, -2, -1, -1, 4, |
| 1, -3, 1, -1, -2, 0, -2, -2, -2, 0, 0, -1, 0, -2, 0, 2, 5, |
| -5, 0, -7, -4, -2, -1, -1, 1, -5, -3, -2, -2, -3, 1, -3, -3, -5, 20, |
| -4, 0, -4, -1, -6, -1, -2, -3, 0, -1, 3, -1, -1, 3, -2, -2, -1, 5, 9, |
| 1, -1, -2, -2, -2, -3, -3, -3, -3, 4, 1, -2, 0, 1, -4, -1, 1, -3, 1, 5, |
| 0, -2, 4, 5, -2, -1, 0, 0, -2, -2, -1, 0, -2, -3, -2, 0, 0, -5, -3, -2, 5, |
| 0, 0, -1, 0, 0, 4, 5, -2, 0, -3, -1, 1, -1, -4, 0, -1, -1, -1, -2, -3, 0, 4, |
| 0, -1, 0, -1, -2, 0, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, 0, -2, -1, 0, -1, 0, -1, |
| }; |
| |
| double tmpmtx45[] = |
| { |
| 5, |
| -2, 7, |
| -1, 0, 6, |
| -2, -1, 2, 7, |
| -1, -3, -2, -3, 12, |
| -1, 1, 0, 0, -3, 6, |
| -1, 0, 0, 2, -3, 2, 6, |
| 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 7, |
| -2, 0, 1, 0, -3, 1, 0, -2, 10, |
| -1, -3, -2, -4, -3, -2, -3, -4, -3, 5, |
| -1, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -3, -2, 2, 5, |
| -1, 3, 0, 0, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -3, 5, |
| -1, -1, -2, -3, -2, 0, -2, -2, 0, 2, 2, -1, 6, |
| -2, -2, -2, -4, -2, -4, -3, -3, -2, 0, 1, -3, 0, 8, |
| -1, -2, -2, -1, -4, -1, 0, -2, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 9, |
| 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -1, 4, |
| 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 2, 5, |
| -2, -2, -4, -4, -5, -2, -3, -2, -3, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -4, -3, 15, |
| -2, -1, -2, -2, -3, -1, -2, -3, 2, 0, 0, -1, 0, 3, -3, -2, -1, 3, 8, |
| 0, -2, -3, -3, -1, -3, -3, -3, -3, 3, 1, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -3, -1, 5, |
| }; |
| double tmpmtx50[] = |
| { |
| 5, |
| -2, 7, |
| -1, -1, 7, |
| -2, -2, 2, 8, |
| -1, -4, -2, -4, 13, |
| -1, 1, 0, 0, -3, 7, |
| -1, 0, 0, 2, -3, 2, 6, |
| 0, -3, 0, -1, -3, -2, -3, 8, |
| -2, 0, 1, -1, -3, 1, 0, -2, 10, |
| -1, -4, -3, -4, -2, -3, -4, -4, -4, 5, |
| -2, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -4, -3, 2, 5, |
| -1, 3, 0, -1, -3, 2, 1, -2, 0, -3, -3, 6, |
| -1, -2, -2, -4, -2, 0, -2, -3, -1, 2, 3, -2, 7, |
| -3, -3, -4, -5, -2, -4, -3, -4, -1, 0, 1, -4, 0, 8, |
| -1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -4, -1, -3, -4, 10, |
| 1, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 0, -1, -3, -3, 0, -2, -3, -1, 5, |
| 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 2, 5, |
| -3, -3, -4, -5, -5, -1, -3, -3, -3, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -4, -3, 15, |
| -2, -1, -2, -3, -3, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, 0, 4, -3, -2, -2, 2, 8, |
| 0, -3, -3, -4, -1, -3, -3, -4, -4, 4, 1, -3, 1, -1, -3, -2, 0, -3, -1, 5, |
| }; |
| double tmpmtx62[] = |
| { |
| 6, |
| -2, 8, |
| -2, -1, 8, |
| -3, -2, 2, 9, |
| -1, -5, -4, -5, 13, |
| -1, 1, 0, 0, -4, 8, |
| -1, 0, 0, 2, -5, 3, 7, |
| 0, -3, -1, -2, -4, -3, -3, 8, |
| -2, 0, 1, -2, -4, 1, 0, -3, 11, |
| -2, -4, -5, -5, -2, -4, -5, -6, -5, 6, |
| -2, -3, -5, -5, -2, -3, -4, -5, -4, 2, 6, |
| -1, 3, 0, -1, -5, 2, 1, -2, -1, -4, -4, 7, |
| -1, -2, -3, -5, -2, -1, -3, -4, -2, 2, 3, -2, 8, |
| -3, -4, -4, -5, -4, -5, -5, -5, -2, 0, 1, -5, 0, 9, |
| -1, -3, -3, -2, -4, -2, -2, -3, -3, -4, -4, -2, -4, -5, 11, |
| 2, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -4, -4, 0, -2, -4, -1, 6, |
| 0, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -1, -1, -3, -2, 2, 7, |
| -4, -4, -6, -6, -3, -3, -4, -4, -4, -4, -2, -4, -2, 1, -5, -4, -4, 16, |
| -3, -3, -3, -5, -4, -2, -3, -5, 3, -2, -2, -3, -1, 4, -4, -3, -2, 3, 10, |
| 0, -4, -4, -5, -1, -3, -4, -5, -5, 4, 1, -3, 1, -1, -4, -2, 0, -4, -2, 6, |
| }; |
| double tmpmtx80[] = |
| { |
| 7, |
| -3, 9, |
| -3, -1, 9, |
| -3, -3, 2, 10, |
| -1, -6, -5, -7, 13, |
| -2, 1, 0, -1, -5, 9, |
| -2, -1, -1, 2, -7, 3, 8, |
| 0, -4, -1, -3, -6, -4, -4, 9, |
| -3, 0, 1, -2, -7, 1, 0, -4, 12, |
| -3, -5, -6, -7, -2, -5, -6, -7, -6, 7, |
| -3, -4, -6, -7, -3, -4, -6, -7, -5, 2, 6, |
| -1, 3, 0, -2, -6, 2, 1, -3, -1, -5, -4, 8, |
| -2, -3, -4, -6, -3, -1, -4, -5, -4, 2, 3, -3, 9, |
| -4, -5, -6, -6, -4, -5, -6, -6, -2, -1, 0, -5, 0, 10, |
| -1, -3, -4, -3, -6, -3, -2, -5, -4, -5, -5, -2, -4, -6, 12, |
| 2, -2, 1, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -4, -4, -1, -3, -4, -2, 7, |
| 0, -2, 0, -2, -2, -1, -2, -3, -3, -2, -3, -1, -1, -4, -3, 2, 8, |
| -5, -5, -7, -8, -5, -4, -6, -6, -4, -5, -4, -6, -3, 0, -7, -6, -5, 16, |
| -4, -4, -4, -6, -5, -3, -5, -6, 3, -3, -2, -4, -3, 4, -6, -3, -3, 3, 11, |
| -1, -4, -5, -6, -2, -4, -4, -6, -5, 4, 1, -4, 1, -2, -4, -3, 0, -5, -3, 7, |
| }; |
| double tmpmtx0[] = |
| { |
| 2.4, |
| -0.6, 4.7, |
| -0.3, 0.3, 3.8, |
| -0.3, -0.3, 2.2, 4.7, |
| 0.5, -2.2, -1.8, -3.2, 11.5, |
| -0.2, 1.5, 0.7, 0.9, -2.4, 2.7, |
| 0.0, 0.4, 0.9, 2.7, -3.0, 1.7, 3.6, |
| 0.5, -1.0, 0.4, 0.1, -2.0, -1.0, -0.8, 6.6, |
| -0.8, 0.6, 1.2, 0.4, -1.3, 1.2, 0.4, -1.4, 6.0, |
| -0.8, -2.4, -2.8, -3.8, -1.1, -1.9, -2.7, -4.5, -2.2, 4.0, |
| -1.2, -2.2, -3.0, -4.0, -1.5, -1.6, -2.8, -4.4, -1.9, 2.8, 4.0, |
| -0.4, 2.7, 0.8, 0.5, -2.8, 1.5, 1.2, -1.1, 0.6, -2.1, -2.1, 3.2, |
| -0.7, -1.7, -2.2, -3.0, -0.9, -1.0, -2.0, -3.5, -1.3, 2.5, 2.8, -1.4, 4.3, |
| -2.3, -3.2, -3.1, -4.5, -0.8, -2.6, -3.9, -5.2, -0.1, 1.0, 2.0, -3.3, 1.6, 7.0, |
| 0.3, -0.9, -0.9, -0.7, -3.1, -0.2, -0.5, -1.6, -1.1, -2.6, -2.3, -0.6, -2.4, -3.8, 7.6, |
| 1.1, -0.2, 0.9, 0.5, 0.1, 0.2, 0.2, 0.4, -0.2, -1.8, -2.1, 0.1, -1.4, -2.8, 0.4, 2.2, |
| 0.6, -0.2, 0.5, 0.0, -0.5, 0.0, -0.1, -1.1, -0.3, -0.6, -1.3, 0.1, -0.6, -2.2, 0.1, 1.5, 2.5, |
| -3.6, -1.6, -3.6, -5.2, -1.0, -2.7, -4.3, -4.0, -0.8, -1.8, -0.7, -3.5, -1.0, 3.6, -5.0, -3.3, -3.5, 14.2, |
| -2.2, -1.8, -1.4, -2.8, -0.5, -1.7, -2.7, -4.0, 2.2, -0.7, 0.0, -2.1, -0.2, 5.1, -3.1, -1.9, -1.9, 4.1, 7.8, |
| 0.1, -2.0, -2.2, -2.9, 0.0, -1.5, -1.9, -3.3, -2.0, 3.1, 1.8, -1.7, 1.6, 0.1, -1.8, -1.0, 0.0, -2.6, -1.1, 3.4, |
| }; |
| |
| int i, j, count; |
| double av; |
| double *tmpmtx; |
| |
| if( n == 30 ) tmpmtx = tmpmtx30; |
| else if( n == 45 ) tmpmtx = tmpmtx45; |
| else if( n == 50 ) tmpmtx = tmpmtx50; |
| else if( n == 62 ) tmpmtx = tmpmtx62; |
| else if( n == 80 ) tmpmtx = tmpmtx80; |
| else if( n == 0 ) tmpmtx = tmpmtx0; |
| else if( n == -1 ) tmpmtx = loadaamtx(); |
| else |
| { |
| fprintf( stderr, "blosum %d ?\n", n ); |
| exit( 1 ); |
| } |
| |
| count = 0; |
| for( i=0; i<20; i++ ) |
| { |
| for( j=0; j<=i; j++ ) |
| { |
| matrix[i][j] = matrix[j][i] = (double)tmpmtx[count++]; |
| } |
| } |
| if( n == -1 && tmpmtx[400] != -1.0 ) |
| { |
| for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = tmpmtx[400+i]; |
| av = 0.0; |
| for( i=0; i<20; i++ ) av += freq[i]; |
| for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] /= av; |
| } |
| else |
| for( i=0; i<20; i++ ) freq[i] = freqd[i]; |
| |
| #if 0 |
| av = 0.0; |
| for( i=0; i<20; i++ ) |
| av += matrix[i][i]; |
| av /= 20; |
| fprintf( stdout, "av = %f\n", av ); |
| |
| for( i=0; i<20; i++ ) for( j=0; j<20; j++ ) |
| matrix[i][j] /= av; |
| |
| av = wav = 0; |
| count = 0; |
| wcount = 0.0; |
| tmptmp = 0.0; |
| for( i=0; i<20; i++ ) |
| { |
| fprintf( stdout, "freq[%d] = %f\n", i, freq[i] ); |
| tmptmp += freq[i]; |
| for( j=0; j<20; j++ ) |
| { |
| av += matrix[i][j]; |
| wav += freq[i] * freq[j] * matrix[i][j]; |
| count++; |
| wcount += freq[i] * freq[j]; |
| } |
| } |
| |
| av /= count; |
| wav /= wcount; |
| fprintf( stdout, "av = %f\n", av ); |
| fprintf( stdout, "wav = %f\n", wav ); |
| fprintf( stdout, "wcount = %f\n", wcount ); |
| fprintf( stdout, "tmptmp = %f\n", tmptmp ); |
| |
| for( i=0; i<20; i++ ) |
| { |
| for( j=0; j<=i; j++ ) |
| { |
| fprintf( stderr, "## %d-%d, %f\n", i, j, matrix[i][j] ); |
| } |
| } |
| |
| exit( 1 ); |
| #endif |
| |
| for( i=0; i<26; i++ ) amino[i] = locaminod[i]; |
| for( i=0; i<26; i++ ) amino_grp[(int)amino[i]] = locgrpd[i]; |
| } |
